Bối cảnh của bộ phim là 2 năm sau Đại Chiến Thế Giới Shinobi lần thứ 4 kết thúc, mặt trăng bắt đầu xịch gần về phía Trái đất. Mặt trăng lúc này như một thiên thạch khổng lồ, nó có thể sẽ phá hủy tất cả mọi thứ, một đồng hồ đếm ngược đến ngày tận thế được thiết lập, Naruto phải đối phó với mối đe dọa này.
Trong khi đó, Toneri Otsutsuki, một hậu duệ của Hamura Otsutsuki đã xuất hiện và bắt cóc Hanabi Hyuga - em gái của Hinata, sau khi bắt cóc Hinata lần đầu bất thành.
Từ trước đến nay, dù Hinata đã thể hiện tình cảm của mình với Naruto khá nhiều nhưng trong các chương trước, Naruto vẫn mới chỉ thể hiện quan hệ với Hinata ở mức độ tình bạn, tình đồng đội mà thôi. Vậy cặp đôi này đã đến với nhau như thế nào? Chuyện tình của họ ra sao? Tất cả sẽ được giải đáp khá đầy đủ trong bộ phim The Last - Naruto the Movie lần này.